L'objectif de l'étude était d'examiner les populations fongiques et bactériennes pulmonaires de sujets atteints de sarcoïdose par rapport à des témoins sains, ainsi que les éventuelles associations avec les peptides antimicrobiens.

Conclusions

Les patients atteints de sarcoïdose présentent un profil bactérien et fongique pulmonaire différent, avec une concentration plus faible de peptides antimicrobiens, ce qui indique une interaction entre le microbiote et le système immunitaire inné. Il reste à confirmer si la dysbiose constitue un mécanisme pathogénique.

Le microbiote bactérien et fongique pulmonaire des patients atteints de sarcoïdose est altéré par rapport à celui des témoins sains. Mais ce n'est pas tout : outre la dysbiose, on observe une expression plus faible des peptides antimicrobiens, ce qui conduit à l'hypothèse d'un lien avec le système immunitaire. Il reste toutefois à déterminer si ces modifications doivent être considérées comme faisant partie du mécanisme pathologique.

Telle est la conclusion de l'étude de Kristel S. Knudsen et de ses collègues de l'Université de Bergen (Norvège), récemment publiée dans Microbiome.

Bien que tous les organes puissent être touchés, les poumons sont la principale cible. Parmi les causes, bien que diverses et incertaines, pourrait également figurer un microbiome altéré, même si les études à ce sujet sont actuellement rares. 

Les peptides et protéines antimicrobiens (AMP) sont des éléments clés du système immunitaire inné contre les agents pathogènes respiratoires. Pour approfondir cet aspect, les chercheurs ont inclus des patients atteints de sarcoïdose (n=35) et des témoins sains (n=35), en comparant les profils bactériens et fongiques ainsi que la concentration d'AMP dans le liquide de lavage buccal (lavage buccal, OW) et alvéolaire (lavage bronchoalvéolaire protégé, PBAL). Voici les résultats obtenus.

Ce qui ressort de l'étude

En partant du profil taxonomique, on a observé que la composition microbienne fongique et bactérienne différait selon le groupe et le type d'échantillon (lavage buccal ; lavage alvéolaire), au niveau de la classe et du genre.

En particulier :

-parmi les classes, Saccharomycetes était la plus représentée dans le règne fongique dans les échantillons OW des deux groupes et dans le PBAL des témoins

-dans le PBAL des patients, les taxons présentaient une distribution plus large, avec une fréquence plus élevée d'Eurotiomycetes et de Malasseziomycetes

-le genre Candida était le plus abondant dans les échantillons OW, quel que soit le groupe. Il était toutefois moins exprimé dans le PBAL des patients que chez les témoins

-Aspergillus présentait en revanche l'expression la plus élevée dans le PBAL des patients, tout en étant presque non identifiable chez les témoins

des niveaux plus faibles de Saccharomycetes dans les échantillons PBAL et de Sordariomycetes dans l'OW des patients 

-Firmicutes et Bacteroidetes ont été identifiés comme les genres dominants, avec Streptococcus, Prevotella et Veillonella comme genres dans les deux groupes

-expression significativement plus faible d'Abscondibacteria dans le PBAL et de Fusobacteria dans l'OW des patients ; elle était en revanche significativement plus élevée pour Stomatobacteria et Synergistia

En comparant, cette fois, la diversité microbienne :

1. la diversité alpha relative au règne fongique ne présentait pas de variations significatives entre les groupes. En revanche, des différences de diversité bêta étaient observées pour les échantillons OW et PBAL

2. la diversité bactérienne des patients était significativement réduite

Enfin, la teneur en peptides et protéines antimicrobiens présentait des valeurs significativement plus faibles chez les patients, bien qu'aucune corrélation n'ait été observée avec la diversité alpha microbienne ou avec des composants antibactériens tels que Hbd-1/2 ou SPL1.

Conclusions

Cette étude a donc montré une modification de la diversité bactérienne et fongique entre les patients atteints de sarcoïdose et les témoins, ainsi que des niveaux de peptides antimicrobiens dans les voies respiratoires inférieures. 

La dysbiose du microbiote respiratoire semble impliquée dans les pathologies, même s'il reste à déterminer si elle en est l'une des causes ou une conséquence.

Source : 

https://microbioma.it/pneumologia/sarcoidosi-studio-indaga-possibile-ruolo-del-microbiota-polmonare/